Il comune si trova in Lessinia, a nord di Verona. È al confine con la provincia di Trento (comuni di Ala e Avio) e si trova appena sopra la Vallagarina (il comune è raggiungibile dalla medesima valle percorrendo la SP57 che collega il comune di Sant'Anna con il comune di Dolcè). Parte del comune (zona ai confini di Negrar e Marano) si trova in Valpolicella.
Sant'Anna d'Alfaedo è a 30 chilometri da Verona. Il territorio del comune è quasi totalmente a sud dei Corni (Corno d'Aquilio, 1545 msl e Corno Mozzo).